Neben dem kompetitiven Aspekt legt Marvel Tōkon: Fighting Souls großen Wert auf das Einzelspieler-Erlebnis und bietet einen Story-Modus, der sich um die verschiedenen Teams dreht. Jedes Team hat seinen eigenen Handlungsstrang, bestehend aus Episoden, die die Beziehungen zwischen den beteiligten Helden und Schurken vertiefen. Die Erzählung wechselt zwischen illustrierten Panels im Stil der Marvel-Comics und spektakulären Animationen im perfekten Anime-Stil – eine Wahl, die die Identität des Projekts und die unverkennbare Handschrift von Arc System Works perfekt widerspiegelt. Im Mittelpunkt der Handlung steht ein Turnier, dessen Ausgang alles andere als sportlich ist. Ein mysteriöser Champion aus einer anderen Dimension oder einem entlegenen Winkel des Universums reist durch die Welten und fordert ihre größten Krieger heraus. Es steht viel auf dem Spiel: Wer verliert, dessen Universum ist dem Untergang geweiht. Angesichts dieser Bedrohung vereinen sich die Marvel-Helden und müssen ihre Rivalitäten und Differenzen beiseitelegen, um sich einem Feind zu stellen, der die Existenz ihrer Welt bedroht.